Stiftelsen förvaltas av Länsstyrelsen Västerbotten, som har dispositionsrätt över stiftelsens avkastning. En exekutiv styrelse med säte i Umeå fattar beslut om den årliga förvaltningen av medlen för förvaltarens räkning.
Styrelsen:
| Björn Jonsson | Ordförande, Länsstyrelsen Västerbotten |
| Christer Nilsson | Umeå universitet |
| Doris Grellmann | Umeå kommun |
| Anders Hellström | Naturskyddsföreningen |
| Nils-Gunnar Mattsson | Lantbrukarna Degernäs |
| Mårten Hetta | SLU |
| Helena Granberg | Lantbrukarna Stöcke |
| Stefan Löfgren | Trafikverket |
| Arne Lindström | Degernäsbäckens avvattningsföretag |
| Tomas Brodin | Västerbottens ornitologiska förening |
Ansvarsfördelning mellan Trafikverket, Länsstyrelsen och stiftelsen
Trafikverket, dåvarande Banverket, ansvarade för att kompensationsåtgärderna kom till stånd och för finansieringen av dem. De ansvarade även för genomförandet av de initiala skötselinsatserna och för att ta fram underlag för reservatsbeslut och skötselplaner.
Trafikverket bildade med fonderade stiftelsen Naturvård vid nedre Umeälven. Med hjälp av de avsatta pengarna ansvarar stiftelsen för den långsiktiga naturvårdsförvaltningen av kompensationsåtgärderna.
Länsstyrelsen Västerbotten beslutade om de aktuella reservaten och fastslog skötselplaner för dem. Länsstyrelsen är förvaltare och tillsynsmyndighet för samtliga naturreservaten och Natura 2000-områdena i området. Länsstyrelsen ansvarar även för byggande och underhåll av anläggningar för besökare i enlighet med de olika reservatens skötselplaner.